O processo para realizar a leitura de valores a partir do teclado e preencher uma matriz é muito semelhante ao que fizemos para um vetor, com a diferença que agora teremos dois índices, um para linha e outro para coluna, assim:

inteiro l, c, mat[3][2]

para(l = 0; l < 3; l++){
  para(c = 0; c < 2; c++){
    escreva("Digite um valor: ")
    leia(mat[l][c])
  }
}

Código completo em Portugol para ler a partir do teclado uma matriz de inteiros.

programa{
	 
	funcao inicio(){
	
		inteiro l, c, mat[3][3] = {{45,86,95},{71,42,36},{49,16,35}}

		// Lê uma matriz 3 por 3 do teclado
		para(l = 0; l < 3; l++){
			para(c = 0; c < 3; c++){
				escreva("Digite o valor da posição ", l, " ", c, ": ")
				leia(mat[l][c])
			}
		}

		// Imprime uma matriz 3 por 3
		para(l = 0; l < 3; l++){
			para(c = 0; c < 3; c++){
				escreva(mat[l][c], " ")
			}
			escreva("\n")
		}
	}
}